Proces podejmowania decyzji w Unii Europejskiej jest niezwykle złożony. Zaczyna się on zwykle od impulsu politycznego, nadawanego przez Radę Europejską. Rada Europejska wyznacza UE ogólny kierunek polityczny i określa jej priorytety. Nie jest jednak instytucją legislacyjną, a zatem nie negocjuje ani nie przyjmuje unijnego prawa. Co do zwyczaju, Rada Europejska podejmuje decyzje w drodze konsensusu. Jednak w pewnych szczególnych przypadkach, o których mówią unijne traktaty, decyduje jednomyślnie lub większością kwalifikowaną (np. zwalczanie poważnej przestępczości o wymiarze transgranicznym lub ustalanie systemu rotacji komisarzy w Komisji Europejskiej).

Rada Europejska, czyli de facto zgromadzenie głów państw i rządów wszystkich krajów UE, nie podjęło decyzji ustanawiającej system relokacji. Decyzje te zostały podjęte przez uprawnione do tego organy legislacyjne, czyli Parlament Europejski i Radę Unii Europejskiej.

Pierwsza decyzja Rady (nr 2015/1523 z dnia 14 września 2015 r. została podjęta jednogłośnie. Druga decyzja (nr 2015/1601 z dnia 22 września 2015 r.) przyjęta została na drodze głosowania większością kwalifikowaną. Warto podkreślić, że to właśnie Rada Unii Europejskiej jest organem wyposażonym w kompetencje do działania w tej sytuacji, na podstawie art. 78 (3) Traktatu o Unii Europejskiej:

W przypadku gdy jedno lub więcej Państw Członkowskich znajdzie się w nadzwyczajnej sytuacji charakteryzującej się nagłym napływem obywateli państw trzecich, Rada, na wniosek Komisji, może przyjąć środki tymczasowe na korzyść zainteresowanego Państwa lub Państw Członkowskich. Rada stanowi po konsultacji z Parlamentem Europejskim.

Kalendarium najważniejszych decyzje poszczególnych ogranów UE:

1. 23.04.2015 – specjalne posiedzenie Rady Europejskiej jako odpowiedź na kryzys migracyjny; w konkluzjach ze spotkania RE nawołuje wszystkie instytucje UE do podjęcia prac nad pomocą dla państw, których granica jest jednocześnie zewnętrzną granicą UE i uruchomienie programu pilotażowego umożliwiającego rozmieszczenie osób, które potrzebują ochrony międzynarodowej w innych krajach UE,
2. 29.04.2015 – rezolucja Parlamentu Europejskiego wskazująca możliwość zastosowanie art. 78(3) Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej,
3. 13.05.2015 – Komisja Europejska prezentuje Europejski Program w zakresie Migracji,
4. 27.05.2015 – Komisja Europejska przedstawia propozycję relokacji 40 000 uchodźców z terenu Grecji i Włoch,
5. 25-26.06.2015 – Rada Europejska przyjmuje konkluzje, w których popiera propozycję Komisji i wskazuje Radę Unii Europejskiej jako organ odpowiedzialny za przyjęcie decyzji, na podstawie której proces ten będzie mógł zostać przeprowadzony,
6. 14.09.2015 r. – Rada Unii Europejskiej przyjęła decyzję o relokacji 40 000 uchodźców, znajdujących się we Włoszech i w Grecji,

7. 22.09.2015 r. – podjęcie przez Radę UE kolejnej decyzji, w której zobowiązano państwa członkowskie do przyjęcia kolejnych 120 000 uchodźców.