Zgodnie z art. 1 ust. 1 ustawy o prokuraturze z dnia 20 czerwca 1985 r. “Prokuraturę stanowią Prokurator Generalny oraz podlegli mu prokuratorzy powszechnych i wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury oraz prokuratorzy Instytutu Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu” oznacza to, że prokuratorzy wojskowi współstanowią Prokuraturę RP i podlegają Prokuratorowi Generalnemu, którego jednym  z zastępców jest Naczelny Prokurator Wojskowy. Artykuł 9 ustawy stanowi, że “Prokuratorzy w sprawowaniu swych funkcji są niezależni i podlegają jedynie prokuratorom przełożonym”.

Artykuł 108 ustawy mówi, że wojskowe jednostki organizacyjne prokuratury wchodzą w skład Sił Zbrojnych RP, a ich działalność jest finansowana z wyodrębnionych środków budżetowych Ministerstwa Obrony Narodowej.

W zakresie służby wojskowej Naczelny Prokurator Wojskowy podlega Ministrowi Obrony Narodowej, a pozostali prokuratorzy wojskowi – właściwym prokuratorom przełożonym. Dodatkowo (Art. 109. 1.) Naczelny Prokurator Wojskowy składa Prokuratorowi Generalnemu i Ministrowi Obrony Narodowej sprawozdania z działalności prokuratorów wojskowych oraz informuje ich bieżąco o pracy wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury.