Konkordat między Stolicą Apostolską i Rzecząpospolitą Polską rzeczywiście zawarto 28 lipca 1993 roku w trakcie działania rządu Hanny Suchockiej, którego kadencja trwała od 11 lipca 1992 r. do 25 października 1993 r.

Lata 1993-1997 to okres działania Sejmu II kadencji, w trakcie którego większość w parlamencie miała koalicja SLD i PSL. Jednak w tym czasie prace legislacyjne poświęcone konkordatowi ciągle trwały.

Dnia 30 czerwca 1994 r. Sejm na 24. posiedzeniu rozpatrywał w pierwszym czytaniu rządowy projekt ustawy o ratyfikacji konkordatu między Stolicą Apostolską a Rzecząpospolitą Polską. Minister spraw zagranicznych Andrzej Olechowski przedstawiając projekt ustawy stwierdził wtedy m.in. że:

„Rząd, w którego imieniu przemawiam, nie uczestniczył w negocjowaniu tekstu konkordatu. Chcę to podkreślić. Niezależnie jednak od tego, który z rządów Rzeczypospolitej Polskiej negocjuje i podpisuje umowy międzynarodowe, obowiązek wywiązania się z zaciągniętych zobowiązań ciąży na państwie. Rząd premiera Pawlaka pragnie, z pomocą Wysokiej Izby, wywiązać się ze zobowiązania, które w lipcu ubiegłego roku Rzeczpospolita zaciągnęła wobec Stolicy Apostolskiej„.

W dyskusji nad projektem w imieniu klubu parlamentarnego Sojuszu Lewicy Demokratycznej głos zabrał wtedy poseł Longin Pastusiak, który powiedział m.in.:

„Uważamy, że w pełni możliwe było wynegocjowanie takiego tekstu konkordatu, który Wysoka Izba mogłaby przyjąć jednogłośnie. Byłoby to w interesie państwa, społeczeństwa polskiego i Kościoła katolickiego, którego społeczną rolę doceniamy.

Jednak nie w tym kierunku poszły wysiłki negocjatorów, co – jak obecnie łatwo stwierdzić – wywołało polityczny problem. Można go było uniknąć w interesie nas wszystkich: i wierzących, i niewierzących. Chcąc stworzyć możliwość wypowiedzenia się w sprawie konkordatu wszystkim stronom i wysłuchania różnych argumentów, Sojusz Lewicy Demokratycznej przedłożył właśnie ten projekt uchwały, który miałem przyjemność Wysokiej Izbie wcześniej przedstawić.

Chciałbym równocześnie zwrócić uwagę ewentualnym krytykom stanowiska Sojuszu Lewicy Demokratycznej, aby nie postrzegali naszego klubu jako przeciwników konkordatowej regulacji statusu prawnego Kościoła katolickiego w państwie. W naszych oficjalnych deklaracjach takiego stanowiska nie wyrażaliśmy.

Mamy natomiast konkretne wątpliwości i zastrzeżenia co do niektórych artykułów konkordatu, które wymagają wyjaśnienia w dalszych pracach legislacyjnych. Dlatego też Klub Parlamentarny Sojuszu Lewicy Demokratycznej opowiada się za przekazaniem konkordatu do Komisji Nadzwyczajnej i odbyciem drugiego czytania po wejściu w życiu konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej„.

Ostatecznie dnia 1 lipca 1994 r. Sejm podjął w głosowaniu (za – 201 posłów, przeciw – 185, wstrzymało się – 13) uchwałę o trybie prac nad ustawą o ratyfikacji konkordatu między Stolicą Apostolską a Rzecząpospolitą Polską i skierował rządowy projekt tej ustawy do Komisji Nadzwyczajnej. Jej przewodniczącym został poseł klubu SLD – Zbigniew Siemiątkowski.

Komisja miała na celu w szczególności ocenić skutki prawne uchwalenia ustawy ratyfikacyjnej oraz zgodność konkordatu z ustawą zasadniczą. W przypadku pierwszego zadania (określone w §1) narzucono termin zakończenia prac do 31 stycznia 1995 r. (zmieniony później na 15 marca 1995 r.), natomiast wobec drugiego (§2) ustalono, że w tym zakresie prace zostaną zakończone najpóźniej w ciągu 2 miesięcy od uchwalenia projektu Konstytucji. Stało się to w dniu 2 kwietnia 1997 r. w związku z czym prace komisji trwały ostatecznie do 19 czerwca 1997 roku. Od całościowego sprawozdania z prac komisji niejako uzależniono przejście do drugiego czytania nad projektem ustawy o wyrażeniu zgody na ratyfikację, co skutecznie rozciągnęło w czasie prace legislacyjne nad projektem ustawy.

Ustawa o wyrażeniu zgody na ratyfikację konkordatu została poddana pod głosowanie i uchwalona dopiero 8 stycznia 1998 r., za czasów Sejmu III kadencji (1997-2001) w którym większość stanowiła koalicja AWS i UW. Sojusz Lewicy Demokratycznej głosował niemal w całości przeciw (154 głosy przeciw, 1 za, 1 głos wstrzymujący się).

Prezydent Aleksander Kwaśniewski podpisał umowę 23 lutego 1998 roku.