Czym jest i na czym polega test PCR?

Testy PCR to jedna z najdokładniejszych metod diagnostycznych, którą stosowano na długo przed wybuchem pandemii koronawirusa SARS-CoV-2. Metoda ta jest cały czas rozwijana i udoskonalana. Od lat stosuje się ją w diagnostyce także innych chorób wirusowych, bakteryjnych, jak i nowotworowych, a technika znajduje także zastosowanie w wielu innych dziedzinach badawczych. W przypadku diagnostyki w kierunku koronawirusa SARS-CoV-2 uznaje się je za tzw. złoty standard. Swoistość diagnostyczna testów PCR dla koronawirusa SARS-CoV-2 jest oceniana na 98-99 proc. O tym, jak dokładnie działają testy PCR, pisaliśmy na  łamach Demagoga w październiku 2020 roku. Testy PCR wykorzystują metodę RT-PCR (z ang. real time polymerase chain reaction), która pozwala na szybką i tanią implikację (kopiowanie) małych fragmentów DNA lub przekształconych RNA. Metoda znajduje wykorzystanie także w przypadku wielu innych technik laboratoryjnych. Testy PCR charakteryzują się możliwością otrzymywania szybkich wyników i dużą czułością. Ich wadą jest to, że są podatne na zanieczyszczenia, przez co testowanie wymaga dużej ostrożności. Na pierwszym etapie badania pobiera się próbkę od osoby, którą uważa się za prawdopodobnie zakażoną. Próbka trafia do wyspecjalizowanego laboratorium, gdzie częściowe zaznajomienie z sekwencją nukleotydów obu końców RNA pozwala na wyizolowanie odpowiedniego materiału z próbki. Wyizolowane RNA przekształca się następnie w polimerazę DNA zależną od RNA. Potem materiał trafia do termocyklera – tu następuje szybkie podgrzewanie i oziębianie badanej polimerazy DNA, która zaczyna replikować za sprawą opisanego procesu. Jeśli do replikowanego materiału przyłączą się startery (mieszanina reakcyjna charakterystyczna dla SARS-CoV-2 wraz z sondą fluorescencyjną), oznacza to, że badana próbka zawiera koronawirusa SARS-CoV-2. W przypadku gdy do namnożonego materiału nie przyłączą się startery, zakażenie patogenem zostaje wykluczone. Test nie wyklucza zatem innych infekcji, ponieważ nie może na nie bezpośrednio wskazać. Fakt ten często błędnie interpretuje się w ten sposób, że testy PCR „wykrywają wiele innych mikrobów i nie dają dobrych wyników”. Dzięki procesowi stosowanemu w testach PCR można wykryć dowolnego wirusa, któremu poświęcony zostanie starter. Startery są precyzyjne w tak dużym stopniu, że pomylenie koronawirusa z innym patogenem jest praktycznie niemożliwe.

Odnosząc się do słów posłanki Siarkowskiej: „wielokrotnie słyszeliśmy relację, że czasami ktoś ma wynik pozytywny, drugi raz jest weryfikowany, ma negatywny. Czyli może być albo fałszywie pozytywny, albo fałszywie negatywny (…)”, zdarza się, że testy mogą nie wykryć patogenu, przez co wynik może okazać się fałszywie negatywny. Podobna sytuacja może mieć miejsce w przypadku wyniku fałszywie dodatniego, jeśli próbka z wyizolowanym już koronawirusem zostanie zanieczyszczona. Dlatego standardem jest kilkukrotne powtórzenie testów PCR w przypadku osób zakażonych, co pozwala na ostateczne wykluczenie zakażenia lub przebycie choroby po ponownym przebadaniu. W przypadku SARS-CoV-2 test PCR musi opierać się o tzw. odwrotną transkryptazę, co wynika z faktu, że wirus ten składa się z RNA.

Posłanka Siarkowska stwierdziła także, że: „testy PCR, tak jak mówią specjaliści, one właściwie nie są stricte na wirusa SARS-CoV-2, tylko wykrywają tak naprawdę każde koronawirusy. Każde, nawet resztki zawarte koronawirusa w materiale biologicznym, mogą być przez ten test PCR wykryte”.

Australijski mikrobiolog Ian Mackay z Uniwersytetu w Queensland tłumaczy:

A zatem test PCR w kontekście SARS-CoV-2 skupia się na jego precyzyjnym wykrywaniu. Ani pozytywny, ani negatywny wynik nie wskazuje innych wirusów, które mogą być obecne w organizmie. Dla nich musiałby zostać zaprojektowany osobny, dedykowany test.

Więcej informacji na temat testów PCR można znaleźć w poprzednich artykułach, opublikowanych na łamach Demagoga:

• Testy PCR na koronawirusa mają sens z naukowego punktu widzenia
• Testy PCR są w stanie skutecznie wykrywać koronawirusa SARS-CoV-2
• Testy PCR są bezużyteczne i nie wykrywają koronawirusa? Fake news!
• Testy PCR nie nadają się do diagnozy zakażeń? To fake news!